# scientific-agent-skills - 163 Claude Skills de K-Dense-AI > K-Dense-AI/scientific-agent-skills: 163 skills para agentes de IA en bioinformática, química, clínica e imagen médica, con acceso a 100+ bases científicas. Fuente: https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills Markdown: https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills.md Colección de 163 skills para agentes de IA orientadas a investigación científica: bioinformática, cheminformática, proteómica, imagen médica, estadística, simulación y acceso a más de 100 bases de datos. ## Instalar el pack entero ```bash npx -y skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --agent claude-code ``` Instala los 163 skills en el proyecto actual. Añade `-g` para toda la máquina, y cambia `--agent` por `cursor`, `codex`, `gemini`, `windsurf` o `cline`. ## Qué cubre El repositorio agrupa 163 skills por dominio: en genómica y bioinformática incluye Scanpy, Biopython, Pysam, Gget, Bulk Rnaseq y Pydeseq2; en química y descubrimiento de fármacos, Rdkit, Datamol, Diffdock y Molecular Dynamics; en clínica y regulatorio, Pkpd Modeling, Analytical Method Validation e Iso Standards Readiness; en imagen, Pathml, Pydicom e Imaging Data Commons; y en análisis y comunicación, Statistical Analysis, Scikit Learn, Literature Review, Scientific Writing y Pptx Posters. Se suman skills de acceso a bases como Database Lookup, Bioservices, Depmap y Primekg, e integraciones de laboratorio como Benchling, Opentrons y Ginkgo Cloud Lab. Quien instalaría el pack completo es un equipo o laboratorio que mueve un agente entre distintas etapas de un proyecto de investigación —consultar bases de datos, ejecutar análisis con paquetes Python especializados, redactar manuscritos o pósters— sin quedar limitado a un único dominio científico. También sirve a quien construye un asistente de investigación amplio sobre Cursor, Claude Code, Codex u otro host compatible con Agent Skills. No cubre decisiones clínicas, diagnósticas ni de certificación: skills como Treatment Plans, Clinical Reports e Iso Standards Readiness están acotadas a documentación, evidencia o preparación, y excluyen atención al paciente, alarmas o decisiones de cumplimiento legal. ## Datos del repositorio - Publicado por: [K-Dense-AI](https://skillsagentes.com/creators/k-dense-ai.md) - Skills indexados: 163 - Categorías: Investigación, Datos y analítica, Documentos - Estrellas: 41179 - Licencia: MIT - Último push: 2026-08-31 - [Código fuente](https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills) ## Los 163 skills - [Aeon](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/aeon.md): Para tareas de machine learning con series temporales: clasificación, regresión, clustering, forecasting, detección de anomalías, segmentación y búsqueda de similitud, con APIs compatibles con scikit-learn. - [Liteparse](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/liteparse.md): Parseo local de documentos y PDF que devuelve texto espacial con bounding boxes: extrae texto, hace OCR de escaneos, genera JSON con layout para RAG y renderiza páginas a PNG. Todo local, sin API en la nube. - [Datamol](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/datamol.md): Envoltura pythónica sobre RDKit con interfaz simplificada para descubrimiento de fármacos: parsing de SMILES, estandarización, descriptores, fingerprints, clustering y conformeros 3D. Para control avanzado usa rdkit directamente. - [Diffdock](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/diffdock.md): Acoplamiento molecular con DiffDock y DiffDock-L: predice la pose de unión proteína-ligando desde PDB o secuencia más SMILES/SDF/MOL2, cribado por lotes e interpretación de confianza. No predice afinidad. - [Flowio](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/flowio.md): Lee, inspecciona y escribe archivos FCS (Flow Cytometry Standard) 2.0, 3.0 y 3.1 con FlowIO: metadatos de bajo nivel, canales, extracción de eventos a NumPy, múltiples datasets y creación de FCS 3.1. Usa FlowKit para compensación o gating. - [Etetoolkit](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/etetoolkit.md): Analiza, manipula, compara, anota y visualiza árboles filogenéticos u otros árboles jerárquicos con ETE 4: Newick/Nexus, distancia Robinson-Foulds, reconciliación de árboles génicos, taxonomía y renderizado. - [Fluidsim](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/fluidsim.md): Planifica, configura, inspecciona, reinicia y analiza simulaciones CFD con FluidSim con controles explícitos de validez numérica y seguridad HPC: selección de solver, parámetros, FFT/MPI, diagnóstico de salidas y compatibilidad de reinicio. - [Geomaster](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/geomaster.md): Skill integral de ciencia geoespacial: teledetección, GIS, análisis espacial y ML para observación de la Tierra en más de 30 dominios científicos, con 500+ ejemplos de código en 8 lenguajes de programación. - [Hypothesis Generation](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/hypothesis-generation.md): Formula preguntas científicas acotadas por evidencia, hipótesis candidatas, explicaciones rivales, afirmaciones causales o asociativas, predicciones discriminantes y planes de análisis listos para preregistro. - [Ontology Term Resolution](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/ontology-term-resolution.md): Resuelve etiquetas científicas en texto libre a IDs de ontología y valida CURIEs existentes contra el EBI Ontology Lookup Service (OLS4), para anotar tejido, tipo celular, enfermedad, fenotipo o metadatos de envío como GEO o ENA. - [Networkx](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/networkx.md): Crea, analiza y visualiza redes y grafos complejos en Python con NetworkX: algoritmos de grafos (caminos más cortos, centralidad, clustering), detección de comunidades, generación de redes sintéticas y E/S de formatos. - [Pymoo](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pymoo.md): Framework de optimización multiobjetivo: NSGA-II, NSGA-III, MOEA/D, frentes de Pareto, manejo de restricciones y benchmarks (ZDT, DTLZ) para problemas de diseño e ingeniería. - [Uncertainty And Units](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/uncertainty-and-units.md): Rastrea unidades físicas y propaga incertidumbre de medición con pint y uncertainties: conversión y chequeo dimensional, presupuestos GUM, Monte Carlo, redondeo, constantes CODATA, auditoría de código y plausibilidad física. - [What If Oracle](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/what-if-oracle.md): Análisis estructurado de escenarios "qué pasaría si" con 4-6 ramas (mejor caso, probable, peor caso, wild card, contrarian, segundo orden). Para preguntas especulativas, bifurcaciones estratégicas o poner a prueba una decisión. - [Usfiscaldata](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/usfiscaldata.md): Consulta la API REST U.S. Treasury Fiscal Data para datos financieros federales de EE. UU., sin API key: deuda nacional, estados diarios y mensuales del Tesoro, subastas de valores, tasas de interés, tipo de cambio y bonos de ahorro. - [Xlsx](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/xlsx.md): Crea, edita, analiza o convierte hojas Excel (.xlsx, .xlsm, .xltx) cuando el libro es el entregable principal: fórmulas, formato, modelos financieros, libros con varias hojas y limpieza tabular a Excel. También sirve para .csv/.tsv. - [Adaptyv](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/adaptyv.md): Cómo usar la API y el SDK de Python de Adaptyv Bio Foundry para diseñar, enviar y consultar experimentos de proteínas: binding, screening, BLI/SPR, termoestabilidad. Se activa si el código importa `adaptyv`, `adaptyv_sdk` o `FoundryClient`. - [Analytical Method Validation](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/analytical-method-validation.md): Planifica, ejecuta y documenta la validación, verificación y transferencia de procedimientos analíticos (HPLC, LC-MS/MS, GC, ICP-MS, qPCR, ensayos de unión) bajo ICH Q2(R2)/Q14, USP, ICH M10, CLSI EP o ISO/IEC 17025. - [Arbor](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/arbor.md): Mejora de forma autónoma un artefacto real (código, receta de entrenamiento, harness de agentes, pipeline de datos, prompt) frente a un objetivo y un evaluador, usando Hypothesis Tree Refinement (HTR) del paper Arbor. - [Bgpt Paper Search](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/bgpt-paper-search.md): Busca papers científicos y obtiene datos experimentales estructurados extraídos de estudios a texto completo vía el servidor MCP de BGPT: más de 25 campos por paper (métodos, resultados, muestras, calidad, conclusiones). - [Bids](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/bids.md): Para trabajar con datasets Brain Imaging Data Structure (BIDS): organizar datos de neurociencia y biomedicina, consultar layouts, validar cumplimiento, convertir DICOM a BIDS, escribir sidecars o crear derivados. - [Cellxgene Census](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/cellxgene-census.md): Consulta programáticamente la CZ CELLxGENE Census: metadatos y expresión de single-cell/espacial versionados a escala poblacional, entre organismos, tejidos, enfermedades y ensayos, sin descargar datasets enteros. - [Deepchem](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/deepchem.md): ML molecular con featurizers diversos y datasets preconstruidos. Para predicción de propiedades (ADMET, toxicidad) con ML tradicional o GNN. Para PyTorch graph-first usa torchdrug; para datasets de benchmark usa pytdc. - [Deepspot M](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/deepspot-m.md): Genera transcriptómica espacial virtual de todo el transcriptoma a partir de histología H&E con DeepSpot-M: expresión génica en log1p-CPM por tile de 224x224 a ~20x, consultando genes por símbolo. - [Esm](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/esm.md): Úsalo al trabajar directamente con el SDK Python esm, los modelos ESM3 o ESMC, los clientes de inferencia Forge/Biohub, o los flujos de plegado ESMFold2. - [Experimental Design](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/experimental-design.md): Diseña experimentos y estudios antes de recoger datos: elige el diseño, aleatoriza, bloquea y estructura las combinaciones de tratamiento para que los resultados sean interpretables (DOE, factoriales, cluster). - [Geopandas](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/geopandas.md): Guía y herramientas locales de auditoría para flujos Python que usan directamente GeoSeries, GeoDataFrame, operaciones espaciales o I/O de datos vectoriales de GeoPandas. - [Ginkgo Cloud Lab](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/ginkgo-cloud-lab.md): Envía y gestiona protocolos en Ginkgo Bioworks Cloud Lab (cloud.ginkgo.bio): expresión y purificación de proteínas, cuantificación HiBiT/A280/LabChip, síntesis IVT, thermal shift, Echo-MS, onboarding SPR y más. - [Infographics](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/infographics.md): Crea infografías profesionales con Nano Banana Pro AI y refinamiento iterativo inteligente. Usa Gemini 3.6 Flash para revisar la calidad e integra investigación con Perplexity Sonar. Soporta 10 tipos, 8 estilos y paletas para daltonismo. - [Iso Standards Readiness](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/iso-standards-readiness.md): Prepara y revisa estructuralmente evidencia de preparación para ISO 13485, ISO 14971, ISO/IEC 17025 e ISO 15189: alcance, documentos controlados, trazabilidad, CAPA y controles de proveedores. No decide certificación ni cumplimiento legal. - [Lab Hardware Cad](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/lab-hardware-cad.md): Diseña hardware de laboratorio como modelos paramétricos en build123d y exporta STEP, STL y DXF listos para fabricar: chips microfluídicos, monturas optomecánicas, soportes de placas/cubetas, racks y rigs de comportamiento animal. - [Lamindb](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/lamindb.md): Úsalo con LaminDB, el lakehouse de código abierto nativo en linaje para datasets y modelos biológicos: configuración, registro de artefactos, búsqueda, trazabilidad, validación, anotación con ontologías (Bionty) y almacenamiento. - [Latchbio Integration](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/latchbio-integration.md): Crea, registra, depura y opera workflows de bioinformática en Latch con el SDK de Python, la CLI, Latch Data y Registry, Nextflow, Snakemake, ejecución programática y Latch MCP. - [Latex Posters](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/latex-posters.md): Crea pósteres de investigación profesionales en LaTeX con beamerposter, tikzposter o baposter, para conferencias y comunicación científica: layout, colores, columnas múltiples e integración de figuras. - [Markitdown](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/markitdown.md): Convierte documentos heterogéneos y ciertos URI a Markdown con Microsoft MarkItDown, para análisis de texto, búsqueda e ingesta en LLM/RAG: conversión local, streams, Office/PDF, lotes, plugins, OCR y Azure. - [Open Notebook](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/open-notebook.md): Alternativa autoalojada y de código abierto a Google NotebookLM para investigación y análisis de documentos con IA: organiza notebooks, ingiere PDFs, vídeo, audio y webs, genera resúmenes, podcasts multi-voz y chat contextual. - [Paper Lookup](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/paper-lookup.md): Busca artículos, preprints, citas y texto completo en abierto en 11 APIs académicas (PubMed, PMC, Europe PMC, bioRxiv, medRxiv, arXiv, OpenAlex, Crossref, Semantic Scholar, CORE, Unpaywall) con procedencia reproducible. - [Phylogenetics](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/phylogenetics.md): Construye y analiza árboles filogenéticos con MAFFT, IQ-TREE 2 y FastTree, con visualización en ETE3 o FigTree, para evolución, filodinámica viral, familias de proteínas y reloj molecular. - [Paperzilla](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/paperzilla.md): Chatea con tu agente sobre proyectos, recomendaciones y papers canónicos en Paperzilla: recomendaciones recientes, detalles de papers, resúmenes en markdown, feedback y URLs de feed Atom. - [Pdf](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pdf.md): Cubre cualquier tarea con archivos PDF: leer o extraer texto/tablas, combinar o dividir, rotar páginas, añadir marcas de agua, crear PDFs, rellenar formularios, cifrar/descifrar, extraer imágenes y OCR en PDFs escaneados. - [Parallel Web](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/parallel-web.md): CLI de Parallel para búsqueda web, extracción de URLs, investigación profunda, enriquecimiento de datos estructurados, descubrimiento de entidades y monitorización web recurrente. - [Pathway Enrichment](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pathway-enrichment.md): Ejecuta e interpreta análisis de enriquecimiento de rutas y conjuntos de genes (ORA, GSEA preranked, ssGSEA/GSVA) con gseapy, g:Profiler, MSigDB, GO, KEGG, Reactome y WikiPathways. - [Peer Review](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/peer-review.md): Prepara borradores de revisión por pares acotados a la evidencia y evaluaciones estructuradas: autorización, selección de guías de reporte, afirmación-evidencia, métodos, estadística, reproducibilidad, ética y citas. - [Pkpd Modeling](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pkpd-modeling.md): Modelado y simulación farmacocinética/farmacodinámica: análisis no compartimental, PK poblacional, PK/PD, TMDD, orientación PBPK, bioequivalencia, escalado alométrico y monitorización terapéutica bayesiana. - [Polars Bio](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/polars-bio.md): Operaciones de intervalos genómicos y E/S de archivos de bioinformática de alto rendimiento sobre DataFrames de Polars: overlap, nearest, merge, coverage, complement, subtract para BED/VCF/BAM/GFF. Alternativa a bioframe. - [Protocolsio Integration](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/protocolsio-integration.md): Lee, valida y exporta datos de protocols.io con los contratos oficiales REST/MCP vigentes, o crea planes de mutación que no se ejecutan. El cliente solo hace GET acotados con `--execute` explícito. - [Pyhealth](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pyhealth.md): Pipelines de deep learning clínico con PyHealth: carga datasets EHR/señales/imágenes (MIMIC, eICU, OMOP, SleepEDF...), define tareas, instancia modelos, entrena con el Trainer y cruza códigos ICD/ATC/NDC/RxNorm. - [Pymatgen](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pymatgen.md): Analiza, valida, convierte y transforma estructuras de materiales y datos computados con pymatgen: diagramas de fase locales, sensibilidad de simetría, I/O de estructura electrónica y consultas acotadas a Materials Project. - [Pymc](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pymc.md): Modelado bayesiano con PyMC: construye modelos jerárquicos, muestreo MCMC (NUTS), inferencia variacional, comparación LOO/WAIC y posterior checks para programación probabilística e inferencia. - [Qiskit](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/qiskit.md): Construye, simula, transpila y ejecuta circuitos cuánticos con Qiskit e IBM Quantum Runtime: primitivas V2 Sampler/Estimator, transpilación consciente del target, simulación con ruido, ejecución en QPU y mitigación de errores. - [Scholar Evaluation](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/scholar-evaluation.md): Ofrece revisión formativa de trabajos académicos, cualitativa y trazable en evidencia, y audita rúbricas de evaluación de investigación de bajo riesgo. Nunca la uses para rankear personas ni decisiones consecuentes. - [Qutip](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/qutip.md): Simula y audita modelos de sistemas cuánticos cerrados y abiertos con QuTiP 5: flujos deterministas, de trayectorias, estado estacionario, espectrales y de espacio de fases, con supuestos físicos y convergencia numérica explícitos. - [Research Grants](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/research-grants.md): Redacta propuestas de investigación competitivas para NSF, NIH, DOE, DARPA y el NSTC de Taiwán: formato por agencia, criterios de revisión, presupuesto, broader impacts, significancia e innovación. - [Scientific Writing](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/scientific-writing.md): Redacta, revisa y audita manuscritos e informes científicos con trazabilidad de evidencia, cobertura de guías de reporte, responsabilidad de autoría, controles de confidencialidad y verificación de consistencia local. - [Scvi Tools](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/scvi-tools.md): Modelos generativos profundos para ómica de célula única: corrección de lote probabilística (scVI), aprendizaje por transferencia, expresión diferencial con incertidumbre e integración multimodal (totalVI, MultiVI). - [Seaborn](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/seaborn.md): Visualización estadística integrada con pandas para explorar distribuciones, relaciones y comparaciones categóricas: box plots, violin plots, pair plots, heatmaps, con estilos atractivos por defecto. Construida sobre matplotlib. - [Statistical Analysis](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/statistical-analysis.md): Análisis estadístico guiado para datos de investigación: selección de prueba, comprobación de supuestos, tamaños del efecto, análisis de potencia, alternativas bayesianas e informes con formato APA. - [Statsmodels](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/statsmodels.md): Librería de modelado estadístico para Python: OLS, GLM, modelos mixtos, ARIMA, con diagnósticos, residuos e inferencia detallada. Ideal para econometría e inferencia rigurosa con tablas de coeficientes. - [Tiledbvcf](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/tiledbvcf.md): Almacenamiento y recuperación eficiente de datos de variantes genómicas con TileDB: ingesta escalable de VCF/BCF, adición incremental de muestras, almacenamiento comprimido, consultas paralelas y exportación para genómica poblacional. - [Treatment Plans](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/treatment-plans.md): Formatea y valida estructuralmente documentación local de planes de tratamiento tras decisiones clínicas ya suministradas y verificadas por profesionales autorizados: trazabilidad, intervenciones, metas y handoffs, no decisiones clínicas. - [Autoskill](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/autoskill.md): Observa la pantalla del usuario vía screenpipe, detecta flujos de trabajo repetidos, los compara con las skills existentes y redacta nuevas skills o recetas de composición para los patrones aún no cubiertos. - [Biopython](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/biopython.md): Kit de herramientas de biología molecular: manipulación de secuencias, parseo de archivos (FASTA/GenBank/PDB), filogenética y acceso a NCBI/PubMed (Bio.Entrez); para búsquedas rápidas usa gget, para varios servicios usa bioservices. - [Consciousness Council](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/consciousness-council.md): Ejecuta una deliberación tipo Mind Council con múltiples perspectivas sobre cualquier pregunta, decisión o reto creativo, generando diversidad cognitiva real en vez de una única voz. - [Get Available Resources](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/get-available-resources.md): Detecta el inventario del host y los límites efectivos de CPU, memoria, disco, scheduler, contenedor y aceleradores antes de una carga de trabajo local sensible a recursos. Genera un snapshot JSON redactado, sin pruebas de estrés. - [Openpiv](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/openpiv.md): Análisis de velocimetría por imágenes de partículas (PIV) con OpenPIV: extrae campos de velocidad de pares de imágenes PIV, valida y reemplaza vectores espurios, y calcula vorticidad, tasa de deformación y estadísticas de turbulencia. - [Primekg](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/primekg.md): Consulta el grafo de conocimiento de medicina de precisión PrimeKG para datos biológicos multiescala: genes, fármacos, enfermedades, fenotipos y más. - [Pufferlib](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pufferlib.md): Guía consciente de versión para entornos de refuerzo de PufferLib, vectorización, políticas, entrenamiento PuffeRL, evaluación y revisión segura de checkpoints, en PufferLib 3.0.0 o en la línea nativa 4.0. - [Pydicom](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pydicom.md): Usa pydicom para leer, inspeccionar, escribir, transformar y verificar de forma segura datasets DICOM locales y datos de píxeles: metadatos, transfer syntaxes, plugins de compresión, frames y desidentificación acotada. - [Pyzotero](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pyzotero.md): Interactúa con bibliotecas de Zotero mediante el cliente pyzotero: recupera, crea, actualiza y elimina items, colecciones, tags y adjuntos vía la Zotero Web API v3; exporta citas y automatiza flujos de investigación. - [Tamarind](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/tamarind.md): Accede a herramientas de diseño molecular y biología estructural de código abierto en Tamarind Bio (REST API o MCP), sin GPU local: predicción de estructura, diseño de proteínas/binders, docking y dinámica molecular. - [Venue Templates](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/venue-templates.md): Prepara manuscritos, artículos de conferencia, pósteres y documentos de subvención con guías de formato por venue y scaffolds LaTeX: elegir plantilla oficial, comprobar reglas de páginas o anonimato, o inspeccionar un PDF de envío. - [Pi Agent](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pi-agent.md): Construye con Pi, el harness de codificación de terminal minimalista: instalación, providers/modelos, skills/extensiones/temas, SDK, RPC, streams JSON, sesiones, router llama.cpp y paquetes del ecosistema. - [Arboreto](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/arboreto.md): Infiere redes de regulación génica (GRN) a partir de datos de expresión génica con algoritmos escalables (GRNBoost2, GENIE3), para transcriptómica bulk o de célula única, con computación distribuida. - [Astropy](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/astropy.md): Librería Python central para astronomía y astrofísica: unidades/cantidades, coordenadas, E/S de FITS, tablas, sistemas de tiempo, WCS y cosmología, para implementar o depurar código con Astropy. - [Bulk Rnaseq](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/bulk-rnaseq.md): Orquestador end-to-end de RNA-seq bulk: de FASTQ crudo (QC, trimming, STAR/Salmon/featureCounts) a matriz de counts, expresión diferencial con pydeseq2, enriquecimiento GSEA y figuras de publicación. - [Cobrapy](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/cobrapy.md): Modelado metabólico basado en restricciones (COBRA): FBA, FVA, knockouts de genes, muestreo de flujos y modelos SBML, para análisis de biología de sistemas e ingeniería metabólica. - [Glycoengineering](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/glycoengineering.md): Analiza e ingenia la glicosilación de proteínas: escanea sequones de N-glicosilación (N-X-S/T), predice puntos calientes de O-glicosilación y da acceso a herramientas curadas (NetOGlyc, GlycoShield) para anticuerpos y vacunas. - [Hugging Science](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/hugging-science.md): Para IA/ML en dominios científicos (biología, química, física, genómica, clima, materiales...). Catálogo curado de datasets, modelos, posts y Spaces de Hugging Science, accesible vía `datasets`, `transformers` y `gradio_client`. - [Hypogenic](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/hypogenic.md): Planifica y audita el uso de ChicagoHAI HypoGeniC/HypoRefine para generar hipótesis con LLMs desde datasets de texto etiquetados: paquete `hypogenic`, configs de tareas, bancos de hipótesis y datasets HypoBench. - [Scikit Learn](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/scikit-learn.md): Aprendizaje automático en Python con scikit-learn: clasificación, regresión, clustering, reducción de dimensionalidad, evaluación de modelos, ajuste de hiperparámetros, preprocesamiento y pipelines de ML. - [Markdown Mermaid Writing](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/markdown-mermaid-writing.md): Skill completa de escritura en markdown y diagramas Mermaid para documentos científicos, informes, análisis o visualizaciones. Establece los diagramas en texto como estándar, con guías de estilo, 24 tipos de diagrama y 9 plantillas. - [Market Research Reports](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/market-research-reports.md): Crea informes de investigación de mercado con evidencia trazable y escenarios de tamaño de mercado o previsión basados en supuestos: definición de mercado, TAM/SAM/SOM, panoramas competitivos y sensibilidad. - [Matlab](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/matlab.md): Construye, revisa, migra y planifica de forma segura flujos numéricos en MATLAB o GNU Octave: arrays, datos tabulares/temporales, tests, proyectos, gráficos, archivos MAT e interoperabilidad con Python. - [Pennylane](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pennylane.md): Framework de ML cuántico agnóstico al hardware con diferenciación automática: entrena circuitos cuánticos, construye modelos híbridos cuántico-clásicos y cambia de dispositivo entre IBM, Google, Rigetti e IonQ. - [Umap Learn](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/umap-learn.md): UMAP-learn para reducción de dimensionalidad no lineal: embeddings 2D/3D, preprocesamiento para clustering, UMAP supervisado o semisupervisado, DensMAP, AlignedUMAP y Parametric UMAP. - [Scientific Brainstorming](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/scientific-brainstorming.md): Facilita ideación científica consciente de la evidencia: generación independiente, discusión estructurada, supuestos explícitos, evaluación transparente, revisión adversarial y registro de decisiones. - [Simpy](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/simpy.md): Construye, inspecciona, prueba y analiza simulaciones de eventos discretos basadas en procesos y acotadas con SimPy: eventos, recursos, interrupciones, monitorización, réplicas, calentamiento y análisis reproducible. - [Modal](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/modal.md): Modal es una plataforma cloud serverless para ejecutar Python bajo demanda, con GPUs bajo demanda: desplegar modelos de IA/ML, cargas con GPU, endpoints web, tareas programadas y contenedores cloud escalables. - [Neurokit2](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/neurokit2.md): Usa NeuroKit2 para construir o auditar flujos de investigación reproducibles: preprocesamiento de series temporales fisiológicas, análisis de eventos, alineación multimodal, variabilidad y complejidad. No es para diagnóstico. - [Onekgpd](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/onekgpd.md): Consulta el dataset del 1000 Genomes Project (3202 individuos secuenciados, GRCh38) a nivel de participante: qué individuos portan variantes, quién es homocigoto de referencia, qué variantes existen y el parentesco entre individuos. - [Pacsomatic](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pacsomatic.md): Kit de operador para flujos nf-core/pacsomatic de tumor-normal pareado a partir de BAMs: valida entradas, genera samplesheets y artefactos de lanzamiento, ejecuta local o en scheduler, y diagnostica fallos. - [Paperclip](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/paperclip.md): Busca y lee papers biomédicos de texto completo, documentos regulatorios FDA/PMDA/EMA, registros de ensayos clínicos y entradas UniProt/PDB/ChEMBL con el CLI Paperclip de GXL, con citas ancladas a líneas exactas. - [Pathogen Variant Surveillance](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pathogen-variant-surveillance.md): Consulta datos en vivo de vigilancia genómica de patógenos vía GenSpectrum LAPIS: qué linajes virales circulan ahora, su velocidad de crecimiento y qué mutaciones portan. - [Pysam](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pysam.md): Flujos de trabajo Python/HTSlib para archivos genómicos: lee, consulta, filtra o escribe SAM/BAM/CRAM, VCF/BCF, FASTA/FASTQ o datos tabix con pysam, incluyendo pileup, cobertura, indexado y referencias CRAM. - [Pytorch Lightning](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pytorch-lightning.md): Framework de deep learning (PyTorch Lightning): organiza código en LightningModules, configura Trainers multi-GPU/TPU, pipelines de datos, callbacks, logging (W&B, TensorBoard, MLflow) y entrenamiento distribuido (DDP, FSDP, DeepSpeed). - [Torch Geometric](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/torch-geometric.md): PyTorch Geometric (PyG) para redes neuronales de grafos: clasificación de nodos/enlaces/grafos, message passing (GCN, GAT, GraphSAGE, GIN), grafos heterogéneos, muestreo de vecinos y datasets personalizados. - [Transformers](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/transformers.md): Hugging Face Transformers para cargar modelos del Hub, hacer inferencia con pipelines, generar texto y afinar modelos con Trainer en tareas de NLP, visión, audio y multimodales. Para AutoModel, pipelines o TrainingArguments. - [Benchling Integration](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/benchling-integration.md): Integración con el SDK de Python de Benchling y su API REST para entidades del registro, inventario, entradas del cuaderno electrónico (ELN), workflows, Benchling Apps y consultas al Data Warehouse. - [Bioservices](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/bioservices.md): Interfaz unificada en Python a más de 40 servicios bioinformáticos. Para consultar varias bases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) con una API consistente, análisis cruzado y mapeo de IDs; para búsquedas rápidas usa gget. - [Clinical Decision Support](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/clinical-decision-support.md): Prepara y valida artefactos de investigación —evaluación, evidencia, cohorte, supervivencia, modelo/biomarcador, privacidad, gobernanza— para soporte de decisiones clínicas. Solo documentación, nunca atención al paciente. - [Dask](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/dask.md): Computación distribuida para workflows de pandas/NumPy que no caben en RAM. Para procesar archivos en paralelo, ML distribuido e integrar código pandas. Para out-of-core en una máquina usa vaex; para velocidad en memoria usa polars. - [Deeptools](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/deeptools.md): Kit de herramientas NGS: convierte BAM a bigWig, hace control de calidad (correlación, PCA, fingerprints) y genera heatmaps/perfiles (TSS, picos) para visualizar ChIP-seq, RNA-seq y ATAC-seq. - [Dnanexus Integration](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/dnanexus-integration.md): Construye y opera cargas de trabajo genómicas reproducibles en DNAnexus con la CLI dx, dxpy, apps/applets, workflows nativos, dxCompiler y Nextflow: transferencias, dxapp.json, monitorización y automatización. - [Exa Search](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/exa-search.md): Kit de búsqueda web con Exa, orientado a contenido científico y técnico: búsqueda semántica con filtro de artículos de investigación y dominios académicos, y extracción de contenido de URLs por lotes. - [Geniml](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/geniml.md): Flujos locales y auditados con Geniml para intervalos genómicos: valida contratos de BED y de universos, planifica corridas de Region2Vec o scEmbed, inspecciona compatibilidad de modelo/tokenizer y evalúa universos de consenso. - [Genomic Intelligence](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/genomic-intelligence.md): Predice regiones regulatorias, estructura génica y expresión desde secuencia de ADN con los modelos transformer alojados de Genomic Intelligence, sin GPU ni pesos locales: seis tareas vía REST y un servidor MCP público. - [Gget](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/gget.md): Consultas rápidas por CLI/Python a más de 20 bases de datos bioinformáticas: info de genes, BLAST/BLAT, secuencias virales, estructuras AlphaFold, enriquecimiento, OpenTargets, COSMIC, CELLxGENE y datos de ratón (8cube). - [Histolab](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/histolab.md): Extracción y preprocesamiento ligero de teselas WSI: detección de tejido, extracción de teselas y normalización de tinción H&E. Ideal para pipelines simples; para proteómica espacial o deep learning avanzado usa pathml. - [Imaging Data Commons](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/imaging-data-commons.md): Consulta y descarga datos públicos de imágenes oncológicas del NCI Imaging Data Commons (IDC): colecciones, acceso DICOM, radiología (CT, MR, PET), patología, metadatos, visualización y licencias. No requiere autenticación. - [Labarchive Integration](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/labarchive-integration.md): Integra de forma segura con la API REST-like de LabArchives ELN y la Inventory API v1: selección de endpoint regional, construcción de solicitudes firmadas, autorización de usuario con UID y validación local de contenedores LA. - [Literature Review](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/literature-review.md): Realiza revisiones bibliográficas sistemáticas y completas usando varias bases académicas (PubMed, arXiv, bioRxiv, Semantic Scholar). Genera markdown y PDF con citas verificadas en varios estilos (APA, Nature, Vancouver). - [Matchms](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/matchms.md): Procesa, limpia, compara y busca espectros de masas en tándem (MS/MS) con matchms: I/O de archivos, armonización de metadatos, filtrado de picos, similitud espectral, búsqueda en librerías y redes de similitud molecular. - [Optimize For Gpu](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/optimize-for-gpu.md): GPU-acelera código científico de Python en hardware NVIDIA y verifica que el resultado sea correcto y más rápido: CuPy, cuDF, cuML, cuGraph, cuVS, cuCIM, KvikIO, Warp, Numba-CUDA y RAFT. - [Pylabrobot](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pylabrobot.md): Desarrolla y revisa recursos de automatización de laboratorio, planes de manejo de líquidos y simulaciones offline con PyLabRobot, manteniendo la ejecución física detrás de una puerta de seguridad del operador. - [Scikit Bio](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/scikit-bio.md): Kit de herramientas para datos biológicos: análisis de secuencias, alineamientos, árboles filogenéticos, métricas de diversidad (alfa/beta, UniFrac), ordenación (PCoA), PERMANOVA, E/S FASTA/Newick, para análisis de microbioma. - [Scvelo](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/scvelo.md): Análisis de velocidad de ARN con scVelo: estima transiciones de estado celular a partir de la dinámica de ARNm empalmado/no empalmado, infiere trayectorias, calcula tiempo latente e identifica genes conductores en scRNA-seq. - [Medchem](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/medchem.md): Filtros de química medicinal para triaje de compuestos: reglas de similitud a fármacos (Lipinski, Veber, CNS), catálogos de alertas estructurales (PAINS, NIBR, ChEMBL), métricas de complejidad y lenguaje de consulta. - [Nextflow](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/nextflow.md): Construye, ejecuta y depura pipelines Nextflow y workflows nf-core de extremo a extremo: módulos DSL2, samplesheets, contenedores, ejecutores HPC/nube y runs con -resume, incluyendo pipelines como nf-core/rnaseq o nf-core/sarek. - [Opentrons Integration](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/opentrons-integration.md): Escribe, revisa, migra, simula y depura protocolos Opentrons Python Protocol API v2 para robots Flex y OT-2: manejo de líquidos, deck y labware, pipetas, módulos, parámetros de runtime y liquid classes. - [Pathml](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pathml.md): Flujos locales de patología computacional solo para investigación: carga y teselado de portaobjetos, preprocesado y QC, datos h5path, cuantificación de imágenes multiplex, grafos espaciales e inferencia acotada. - [Pptx](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pptx.md): Úsalo siempre que un archivo .pptx o .potx esté implicado: crear decks, leer/extraer su texto, editar presentaciones, combinar o dividir diapositivas, o trabajar con plantillas, layouts, notas o comentarios. - [Pydeseq2](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pydeseq2.md): Análisis de expresión génica diferencial para RNA-seq bulk con PyDESeq2: diseños formulaicos, tests de Wald, corrección FDR, shrinkage de LFC y visualización de resultados. - [Rdkit](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/rdkit.md): Kit de cheminformática para control molecular fino: parsing SMILES/SDF, descriptores, fingerprints, búsqueda de subestructuras, generación 2D/3D, similitud y reacciones. Para flujos estándar más simples, usa datamol. - [Scanpy](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/scanpy.md): Pipeline estándar de análisis scRNA-seq: control de calidad, normalización, reducción de dimensionalidad (PCA/UMAP/t-SNE), clustering, expresión diferencial, visualización y conversión de formatos R a h5ad. - [Stable Baselines3](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/stable-baselines3.md): Algoritmos de aprendizaje por refuerzo listos para producción (PPO, SAC, DQN, TD3, DDPG, A2C) con una API similar a scikit-learn, para experimentos de RL estándar y prototipado rápido con entornos Gymnasium de un solo agente. - [Sympy](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/sympy.md): Para matemática simbólica exacta en Python: álgebra, cálculo, resolución de ecuaciones, álgebra lineal simbólica y generación de código vía lambdify/LaTeX. Si basta con aproximaciones, usa NumPy o SciPy. - [Timesfm Forecasting](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/timesfm-forecasting.md): Pronóstico zero-shot de series temporales con el modelo fundacional TimesFM de Google, para cualquier serie univariada sin entrenar un modelo propio. Admite CSV/DataFrame/arrays, con pronósticos puntuales e intervalos de predicción. - [Vaex](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/vaex.md): Para procesar y analizar datasets tabulares enormes (miles de millones de filas) que no caben en RAM: operaciones DataFrame fuera de memoria, evaluación perezosa, agregaciones rápidas, visualización y ML sobre big data. - [Waypoint Bio](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/waypoint-bio.md): Para los modelos de microbioma de Outpost Bio: los checkpoints Waypoint (6m/45m/170m), el corpus Atlas, el benchmark Compass y el CLI `waypoint`, incluida la conversión de tablas de MetaPhlAn, Kraken2, QIIME 2 o MGnify. - [Scientific Slides](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/scientific-slides.md): Crea decks de diapositivas y presentaciones para charlas de investigación: PowerPoint, presentaciones de conferencia, seminarios, defensas de tesis. Da estructura, plantillas, guía de tiempos y validación visual. - [Gtars](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/gtars.md): Usa Gtars para modelos de intervalos genómicos locales: álgebra de conjuntos, solapamientos y conteos, consenso y cobertura, tokenización, procesamiento de fragmentos y planificación refget/BEDbase en Python, Rust y la CLI. - [Scikit Survival](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/scikit-survival.md): Construye, evalúa y audita flujos de análisis de supervivencia con censura por la derecha o riesgos competitivos usando scikit-survival: preprocesamiento sin fugas, selección de modelo, predicción de probabilidad y métricas. - [Scientific Critical Thinking](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/scientific-critical-thinking.md): Evalúa afirmaciones científicas y la calidad de la evidencia: validez del diseño experimental, sesgos, factores de confusión y marcos GRADE o Cochrane Risk of Bias. Para revisión por pares formal, usa peer-review. - [Scientific Visualization](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/scientific-visualization.md): Crea y audita figuras científicas veraces, accesibles y listas para publicación con Matplotlib, Seaborn o Plotly: diseño, layouts multipanel, incertidumbre y datos faltantes, contraste de color y exportación por revista. - [Generate Image](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/generate-image.md): Genera o edita imágenes con modelos de IA (Gemini, Seedream, Recraft, GPT-Image, Riverflow) vía la API de imágenes de OpenRouter: fotos, ilustraciones, arte conceptual, logos y edición o composición desde imágenes de referencia. - [Rowan](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/rowan.md): Rowan es una plataforma cloud de modelado molecular y química medicinal con API en Python: predicción de pKa/macropKa, conformeros, tautómeros, docking, cofolding proteína-ligando, MSA, dinámica molecular y permeabilidad. - [Relsa Severity Assessment](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/relsa-severity-assessment.md): Evaluación multivariante de severidad y predicción de endpoint humanitario en estudios con animales de laboratorio, combinando lecturas de bienestar en un score RELSA con pronóstico ARIMA foRcast. - [Pyopenms](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pyopenms.md): Plataforma completa de análisis de espectrometría de masas: detección de features, identificación de péptidos/proteínas y cuantificación para proteómica y metabolómica. Para matching simple de librerías, usa matchms. - [Torchdrug](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/torchdrug.md): Construye y depura flujos con TorchDrug 0.2.1 para grafos moleculares, predicción de propiedades, preentrenamiento autosupervisado, generación de moléculas, retrosíntesis, representación de proteínas y grafos de conocimiento. - [Zarr Python](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/zarr-python.md): Arrays N-dimensionales fragmentados (chunked) para almacenamiento en la nube con Zarr-Python 3: arrays comprimidos, E/S paralela, S3/GCS vía fsspec, compatible con NumPy/Dask/Xarray, para pipelines de computación científica a gran escala. - [Matplotlib](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/matplotlib.md): Librería de gráficos de bajo nivel para control total de cada elemento, tipos de gráfico nuevos o flujos científicos concretos. Exporta a PNG/PDF/SVG. Para gráficos rápidos usa seaborn; interactivos, plotly. - [Statistical Power](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/statistical-power.md): Cálculos de tamaño muestral y potencia estadística para planificar estudios: análisis a priori, efecto mínimo detectable (MDE), curvas de potencia y justificación de tamaño muestral para becas, protocolos IRB o preregistros. - [Shap](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/shap.md): Explica y audita predicciones de machine learning con SHAP: selección de explainers y maskers, cálculo y validación de atribuciones, explicaciones multisalida y visualizaciones SHAP locales o globales. - [Scientific Schematics](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/scientific-schematics.md): Crea diagramas científicos de calidad de publicación con la IA Nano Banana 2 y refinamiento iterativo inteligente. Gemini 3.6 Flash revisa la calidad y solo regenera si está por debajo del umbral de tu tipo de documento. - [Pytdc](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pytdc.md): Usa Therapeutics Data Commons a través del paquete PyTDC: descubrimiento de registros, acceso a datasets aprobados, splits según la tarea, métricas de evaluación, grupos de benchmark y flujos de oráculos moleculares acotados. - [Research Lookup](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/research-lookup.md): Recopila evidencia académica actual para un manuscrito científico. Usa Parallel Search por defecto, Parallel Extract para verificar fuentes, Parallel Research para trabajo exhaustivo explícito y Perplexity solo como fallback opcional. - [Pptx Posters](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/pptx-posters.md): Crea y audita pósters científicos editables en PowerPoint (.pptx) sin macros, a partir de contenido y assets locales aprobados por el autor, con controles físicos, de impresora, accesibilidad y seguridad. - [Omero Integration](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/omero-integration.md): Inspecciona y automatiza de forma segura flujos de datos de microscopía en OMERO.server con omero-py, BlitzGateway, la CLI de OMERO, tablas, anotaciones, ROIs, renderizado y las APIs documentadas de OMERO.web. - [Polars](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/polars.md): Librería de DataFrames de alto rendimiento para ETL, analítica y migración desde pandas en Python: expresiones, optimización de consultas lazy, ejecución paralela, streaming out-of-core, Arrow y GPU opcional. - [Molfeat](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/molfeat.md): Featurización molecular para ML con más de 100 featurizers: ECFP, MACCS, descriptores, modelos preentrenados como ChemBERTa. Convierte SMILES en features para QSAR y ML molecular. - [Neuropixels Analysis](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/neuropixels-analysis.md): Analiza grabaciones extracelulares Neuropixels de extremo a extremo con SpikeInterface: carga SpikeGLX/Open Ephys/NWB, preprocesamiento, corrección de drift, spike sorting con Kilosort4, métricas de calidad y curación de unidades. - [Dhdna Profiler](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/dhdna-profiler.md): Extrae patrones cognitivos y la huella de pensamiento de cualquier texto: analiza cómo razona su autor, su estilo cognitivo y su firma de decisión, y permite comparar estilos de pensamiento entre personas. - [Ncats Arax](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/ncats-arax.md): Consulta la API de producción NCATS Translator ARAX para relaciones acotadas y con procedencia en el grafo de conocimiento biomédico: lookup de uno y dos saltos, federación explícita de proveedores y normalización de entidades. - [Docx](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/docx.md): Crea, lee, edita y manipula documentos Word (.docx) y plantillas (.dotx): informes, memos, cartas, tablas de contenido, imágenes, buscar-reemplazar, cambios controlados y comentarios. - [Molecular Dynamics](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/molecular-dynamics.md): Ejecuta y analiza simulaciones de dinámica molecular con OpenMM y MDAnalysis: monta sistemas de proteínas/moléculas pequeñas, corre MD de producción y analiza trayectorias (RMSD, RMSF, mapas de contacto). - [Genomic Coordinates](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/genomic-coordinates.md): Convierte intervalos genómicos entre convenciones de coordenadas, normaliza y compara variantes, y detecta desajustes de assembly o nomenclatura de contigs antes de que corrompan un análisis. - [Depmap](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/depmap.md): Consulta el Cancer Dependency Map (DepMap) para obtener puntuaciones de dependencia génica (CRISPR Chronos), sensibilidad a fármacos y perfiles de efecto génico en líneas celulares de cáncer. - [Exploratory Data Analysis](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/exploratory-data-analysis.md): Realiza análisis exploratorio local y acotado de archivos científicos soportados: perfiles CSV/TSV/JSON, inspección opcional de NumPy/HDF5/FASTA/FASTQ/imágenes, auditorías de datos faltantes y de fuga. - [Database Lookup](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/database-lookup.md): Consulta APIs documentadas de bases de datos públicas con endpoints, filtros, paginación y provenance explícitos. Para recuperar de forma reproducible un dato científico, regulatorio o financiero desde una fuente nombrada, no inferido. - [Cirq](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/cirq.md): Framework de computación cuántica de Google. Para hardware de Google Quantum AI, diseño de circuitos con ruido y a bajo nivel. Para hardware IBM usa qiskit; para ML cuántico con autodiff usa pennylane; para física usa qutip. - [Clinical Reports](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/clinical-reports.md): Crea estructuras de borrador con límites de seguridad y corre comprobaciones locales deterministas para reportes clínicos de caso, diagnóstico, ensayo y seguridad. Solo con datos sintéticos/agregados y manifiestos de hechos verificados. - [Anndata](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/anndata.md): Estructura de datos para matrices anotadas en análisis de célula única. Úsala con archivos .h5ad o el ecosistema scverse; para análisis usa scanpy, para modelos probabilísticos scvi-tools, para escala poblacional cellxgene-census. - [Citation Management](https://skillsagentes.com/skills/k-dense-ai/scientific-agent-skills/citation-management.md): Gestión integral de citas académicas: busca en OpenAlex, PubMed y Google Scholar, extrae metadatos precisos, valida citas y genera entradas BibTeX correctamente formateadas. ## Preguntas frecuentes - **¿Qué incluye scientific-agent-skills?** 163 skills indexados en este directorio, repartidos entre 13 categorías, sobre todo Investigación, Datos y analítica, Documentos. Cada uno es un SKILL.md con sus propios archivos, y en la lista de esta página tienes los 163 con enlace a su ficha. - **¿Cómo instalo todo el pack scientific-agent-skills de una vez?** Con un solo comando: npx -y skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --agent claude-code. Instala los 163 skills del repositorio en el proyecto actual. Añade -g al final para dejarlos disponibles en toda la máquina, y cambia --agent si usas Cursor, Codex, Gemini CLI, Windsurf o Cline. - **¿Puedo instalar solo uno de los skills?** Sí. Cada ficha de skill trae su propio comando con el selector --skill, así que puedes coger uno suelto sin traerte los 163. Es lo recomendable si solo necesitas una tarea concreta: cada skill instalado ocupa contexto en tu agente. - **¿Qué licencia tiene scientific-agent-skills?** El repositorio declara licencia MIT. Los archivos son del autor; este directorio solo los indexa y enlaza al origen. - **¿Quién mantiene scientific-agent-skills?** K-Dense-AI, en GitHub. El último push al repositorio se registró el 31 de agosto de 2026. --- [Todos los packs](https://skillsagentes.com/skills/packs.md) · [Todas las skills](https://skillsagentes.com/skills.md) Skills Agentes · [Índice de páginas en markdown](https://skillsagentes.com/sitemap.md) · [Inicio](https://skillsagentes.com/index.md)